Aufgrund seiner Eigenschaften ist Octenidin mittlerweile in zahlreichen medizinischen Anwendungsgebieten im Einsatz. Die schnelle und breite Wirksamkeit gegen Bakterien und Pilze ist vor allem bei der Behandlung infizierter Wunden und bei der Therapie von Scheideninfektionen ein wesentlicher Vorteil. Octenidin wirkt auch zuverlässig gegen Antibiotika-resistente Problemkeime wie MRSA und kommt deshalb häufig zur Patientendekontamination vor Operationen oder auf Intensivstationen zum Einsatz.
Die gute Verträglichkeit (hoher Biokompatibilitätsindex) von Octenidin erlaubt die Anwendung in chronischen Wunden über längere Zeit. Durch seine von anderen antiseptischen Substanzen unerreichte Remanenzwirkung von 48 Stunden ist Octenidin für die Hautantiseptik vor kritischen OPs (z.B. Implantate bzw. länger andauernde Eingriffe) und vor dem Anlegen eines Gefäßkatheters prädestiniert. Da es farblos und schmerzfrei in der Anwendung ist, eignet sich Octenidin auch besonders für Kinder, die Reiseapotheke und zur Versorgung diverser Verletzungen im Alltag. Sein optimales Sicherheitsprofil ermöglicht zudem die Anwendung während der Schwangerschaft und Stillzeit und macht Octenidin nicht zuletzt zum antiseptischen Mittel der Wahl in der Neonatologie.